Wilayah Tapajós memiliki tingkat deforestasi yang tinggi dengan kecenderungan serupa di negara bagian lain di Legal Amazon. Menurut Institut Penelitian Tata Ruang Brasil atau Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE), antara tahun 2016 dan 2020, tingkat deforestasi di wilayah tersebut mengalami kenaikan sebesar 231%. Angka deforestasi ini mencakup luasan lahan yang beragam, dimulai dari kurang lebih 46 ribu hektar hingga 152 ribu hektar, dalam rentang empat tahun yang menjadi fokus observasi.
Lemahnya tata kelola lingkungan dan maraknya insentif terhadap deforestasi akibat kurangnya pengawasan selama periode ini menyebabkan hilangnya hutan, terutama di lahan-lahan publik yang tidak sesuai dengan peruntukannya. Tingkat deforestasi juga meningkat di lahan-lahan milik pribadi di daerah pedesaan, unit-unit konservasi, lahan-lahan yang diperuntukkan bagi pemanfaatan yang berkelanjutan oleh masyarakat tradisional, dan Wilayah Adat. Pada kasus terakhir, deforestasi merupakan konsekuensi dari invasi yang dilakukan oleh para grileiro (perampas tanah). Kelompok dengan latar belakang sosial-historis (dan ilegal) yang sangat melekat dalam sejarah agraria Brasil ini biasanya muncul di dalam struktur spekulasi dan konsentrasi lahan yang lebih besar dan berkaitan erat dengan keuangan, infrastruktur, serta perdagangan dan harga komoditas internasional. Pertambangan dan kebakaran hutan telah menjadi penyebab utama konversi lahan yang berkontribusi pada peningkatan deforestasi antara tahun 2016 dan 2020.
Dalam kasus pertambangan emas—kegiatan yang mewakili sebagian besar ekonomi wilayah Tapajós, terutama di kota-kota di bagian tengah dan hulu Sungai Tapajós—sebagian besar pertambangan dilakukan secara ilegal. Kegiatan ini meningkat 360% antara tahun 2016 dan 2020, sementara lahan yang terbakar meningkat 390%, mencapai 262 ribu hektar pada tahun 2020.”